过往的审判实践中，因为法律对能否改变罪名以及具体如何保护被告人、辩护人的辩护权没有明确规定，专家、学者的理论不尽相同，法官在具体处理案件时的具体处理办法亦不相同。具体有以下三种处理方式：第一种是人民法院经书面审查认为应当改变罪名的，以商请函的形式商请公诉机关变更起诉，如公诉机关不变更，则一般仍按照公诉机关指控的罪名定罪量刑。第二种处理方式是，认为指控认定的罪名是重罪名，经审理认定应改变为轻罪名，则重罪名改轻罪名定罪量刑。而如果指控认定的罪名是轻罪名，经审理认定应当改变为重罪名，则按照指控的罪名定罪量刑。如抢劫罪可以改为抢夺罪，而指控为抢夺罪，法院审理认定为抢劫罪的，则不改变罪名。第三种处理方式，直接认定检察机关指控的罪名不成立，按照法院审理认定的罪名定罪量刑。审判实践中所有这些处理方式，均有不同程度的缺陷，或者损害了法院的独立审判权，或者未保障被告人的辩护权，或者干预了公诉机关审查指控的权利，不能充分体现刑事诉讼控辩审三方面相结合的模式。
一、变更罪名的法律依据
修改后的最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释第二百四十一条第一款第（二）项、第二款规定：“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与审理认定的罪名不一致的，应当按照审理认定的罪名作出有罪判决”，“有此规定的情形，人民法院应当在判决前听取控辩双方的意见，保障被告人、辩护人充分行使辩护权，必要时可以重新开庭，组织控辩双方围绕被告人的行为构成何罪进行辩论”。而修改前的刑诉讼解释第一百七十六条第一款第二项规定：“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与人民法院审理认定的罪名不一致的，应当作出有罪判决”。修改前的法律规定得非常模糊，究竟能否变更指控的罪名，变更罪名之后中如何保障被告人、辩护人充分行使辩护权，亦无任何规定。新的刑诉法解释作出了明确具体的规定，从立法上明确了可以控此罪判彼罪，保证了独立审判与保护被告人辩护权的完整统一。
二、变更罪名与法院的独立审判
根据过往的审判主流思想，大部分法律专家、学者及法官均认为直接改变罪名，没有保障被告人及辩护人就罪名充分行使辩护权，违背了刑事诉讼“不告不理”的原则，超越了法官职权的界限，代行了控方的起诉职能，有悖于刑事诉讼法确立的侦查、检察、审判机关的分工负责，互相配合，互相制约的基本原则。其实不然，因为，第一，人民法院独立行使审判权，需依法审查公诉机关指控的事实、证据、指控的罪名，提请适用的条款以及认定被告人罪重罪轻的情节，所以对指控罪名的审查属于法院审查的一个重要方面。笔者认为，法院变更罪名直接作出有罪判决并没有越俎代庖，而是独立行使审判权的具体表现，依照我国宪法的规定，在刑事诉讼过程中，人民法院、人民检察院的法律地位是平等的，人民检察院依法独立行使检察权，人民法院依法行使审判权，法院无权要求检察院对哪一件案件必须起诉或必须追加被告人，亦不能对人民检察院起诉的案件予以驳回。同理，检察机关也不能要求人民法院对无罪案件做有罪判决，对此罪作彼罪判决。如果法院只能按照检察机关指控的罪名作出判决，那么法院在刑事诉讼中则成为了检察机关的一个办事机构或者说量刑工具，这是与宪法规定人民法院独立审判的原则与精神是相悖的。第二，刑事诉讼从立案、侦查、提起公诉到审判，是一个流水式的渐进过程，在此过程中，侦查机关在起诉意见书中对案件性质确定罪名。检察机关在起诉书中对案件性质也要确定罪名。法院审理判决，最后对被告人的犯罪行为确定罪名并量刑，这是司法机关对案件性质不断深化认识的过程。检察机关在审查起诉时，可以改变侦查机关确定的罪名确定以什么罪名对被告人起诉，那么法院作为诉讼的最终定案机关，更有权在经过审理后，对案件性质做最后定性，这也是我国司法机关各尽其责，互相配合，互相制约的宪法立法精神的体现。第三，检察机关的职能是国家法律监督机关，并代表国家提起公诉，核心并非定罪量刑。公诉机关指控的罪名在未经审判机关审理判决前是一个相对不确定的罪名。故笔者认为，新刑诉法解释对“指控的罪名与审理认定的罪名不一致的，应当按照审理认定的罪名作出有罪判决”的明确规定，是符合宪法原则的，是能充分保障人民法院独立行使审判权的法律依据。
三、变更罪名与保障被告人及辩护人行使辩护权
控、辩、审三方相结合即刑事诉讼的审理模式，一般均为公诉机关提起公诉，指控被告人的犯罪事实，出示证明犯罪事实的证据，认定被告人构成什么罪以及有什么从重从轻处罚的情节，并可以提出量刑建议。被告人以及辩护人可以就公诉机关指控的事实、证据、罪名以及情节、量刑建议均可以行使辩护权。然后法院经审查认定事实，采信证据，认定罪名并量刑，整个过程是一个完整统一的过程，被告人以及辩护人一般均只对公诉机关指控的罪名行使辩护权，不会对指控以外的罪名予以辩护。故有人认为，人民法院经审理直接变更指控罪名作出有罪判决，被告人对审理认定的罪名没有充分行使辩护权，侵犯了被告人的辩护权。在被告人对新的罪名未行使辩护权的情况下，人民法院迳行判决的做法与现代法治精神完全背道而驰。对此，德国刑事诉讼法有明确的规定，德国刑诉法第一百五十五条规定“法院的调查与裁判，只能延伸到起诉书中写明的行为和指控的人员，在此界限范围内，法院有权和有义务自主行动，尤其是在刑法的适用上，法院不受提出的申请之约束。”我国新的刑诉法解释第二百四十一条第二款明确规定“具有前款第二项规定的情形的，人民法院应当在判决前听取控辩双方的意见，保障被告人、辩护人充分行使辩护权，必要时，可以重新开庭，组织控辩双方围绕被告人构成何罪进行辩论。”这一法律规定，既保证了人民法院独立行使审判权，又保证了被告人、辩护人充分行使辩护权，实现了程序公正与实体公正的完美结合。过往有的专家学者认为，人民法院直接变更指控罪名的做法实际上是利用司法权进行“突袭性裁判”，未给当事人充分利用程序法提供的攻击以防御的机会，被告人在一定程度上受到无防护打击，违背判决合理化和正当化的要求，有必要借鉴大际法系“告知——防御程序”。防御体系对审判范围形成较为严格的控制，有利于被告人人权的保障与程序正义的实现，缺点是效率低下，易耗费更多的司法资源。新的刑诉法解释便引鉴了“告知——防御程序”。法院开庭审理后，休庭合议期间，如合议庭认为需改变指控的罪名，则须将法院审理认定的罪名在判决前听取控辩双方的意见，必要时，可以重新开庭，组织控辩双方围绕被告人的行为构成何罪进行辩论，此过程实际上是控辩双方围绕法院审理认定的罪名进行辩论的过程。如果公诉机关仍坚持指控的罪名，被告人及辩护人亦辩解辩护认为仅构成公诉机关指控的罪名，尤其是重罪名被指控为轻罪名的，如持械聚众斗殴被公诉机关指控为寻衅滋事，则法院在听取意见或重新开庭时必须提出法院经审理认定罪名的意见，控辩双方均可以对指控的罪名发表意见。这样，既保证了人民法院独立行使审判权，依据事实、法律，对被告人准确定罪量刑，也保障了被告人、辩护人充分行使辩护权。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释第二百四十一条第一款第（二）项的规定，是以独立审判和依法打击犯罪为出发点的，是人民法院依法行使审判权的重要体现，这一法律规定的完善，既保障了人民法院审判权的正当行使，又确保了被告人的辩护权，解决了过往司法审判实践中各法院不同的处理方式的难题，是我国刑事诉讼法保障程序公正的新的里程碑。